Pendirian Universitas Muria Kudus dimulai pada bulan Maret 1980 dengan negosiasi antara Kopertis Wilayah V (sekarang kopertis VI) dengan Pemerintah Daerah Tingkat II Kudus. Hasil kesepakatan adalah persetujuan berdirinya sebuah Universitas oleh Koordinator Kopertis Wilayah V dengan didukung oleh kesanggupan Bupati Kudus (Bp. Wimpie Hardono) selaku Pimpinan Daerah untuk menyediakan lahan seluas 6 hektar yang terletak di Desa Gondangmanis, Kecamatan Bae, Kabupaten Kudus. Upaya ini semakin nyata dengan berperan sertanya para pengusaha di Kudus dan sekitarnya. Sebagai badan penyelenggara adalah Yayasan Pembina Universitas Muria Kudus.
Guna pelaksanaan pengalihan dari STE menjadi Universitas, Bupati Kudus menugaskan pada Tim Pendirian Universitas Muria Kudus yang beranggotakan:
- Soewarno, SH (almarhum)
- Drs. Sardjono Hasri (almarhum)
- D. Sunarjo, SH
- Soegito MW, BSc (almarhum)
- Drs. Edi Sardjono, MM
Tugas dari tim adalah menyiapkan segala sesuatu yang terdiri atas persyaratan dan administrasi sebagai syarat untuk berdirinya universitas. Dari hasil kerja tim yang ditugasi, maka pada tanggal 9 Juni 1980 Kopertis Wilayah V (sekarang Kopertis VI) Jawa Tengah mengukuhkan berdirinya Universitas Muria Kudus dengan Surat Keputusan No. 029/K/Kep/VI/1980 yang kemudian diresmikan pada tanggal 12 Juni 1980 dengan nama Universitas Muria Kudus.
Fakultas dan jurusan yang ada pada saat Universitas Muria Kudus didirikan adalah sebagai berikut :
| 1. | Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen |
| 2. | Fakultas Hukum, Jurusan Ilmu Hukum |
| 3. | Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan jurusan : |
| a. Ilmu Pendidikan/Psikologi Pendidikan dan Bimbingan (Bimbingan dan Konseling) b. Jurusan Bahasa dan Seni/Pendidikan Bahasa Inggris. |